Pada 2012, Heru pernah menjabat sebagai Staf khusus MENPORA bersama Prof. Richardus Eko Indrajit dan Ivanna Lie sampai dengan tahun 2014.
Saat bertugas di Kemenpora, ia sempat diutus sebagai anggota tim delegasi dari indonesia, dalam rangka menegosiasikan event Islamic Solidarity Games ke-3, hingga akhirnya bisa diselenggarakan tahun 2014 di Palembang. Bahkan menghasilkan kebanggaaan tersendiri, karena Indonesia berhasil menjadi juara umum pada even tersebut.
Negosiasi tersebut dilakukan pada saat konferensi ISSF , sebuah pertemuan tingkat menteri di Jeddah, Kerajaan Saudi Arabia, tanggal 17-18 Maret 2014.
Pada tahun 2014, Heru Nugroho pernah menjabat sebagai Sekretaris Jenderal BOPI (Badan Olahraga Profesional Indonesia), sebuah lembaga yang bertugas melakukan pembinaan, pengembangan, pengawasan dan pengendalian terhadap setiap kegiatan olahraga profesional Indonesia di bawah naungan Kementerian Pemuda dan Olahraga.
Pada periode kepengurusan BOPI masa itu, Pemerintahan Jokowi menghendaki adanya perbaikan tata kelola sepakbola nasional yang dinilai belum cukup profesional pengelolaannya. Bahkan sempat terjadi keputusan dramatis pemerintah dengan membekukan lembaga federasi yang menaungi kegiatan olahraga sepakbola Indonesia (PSSI) pada 15 April 2015, sebagai upaya perbaikan tata kelola persepakbolaan profesional di Indonesia. Hal ini menyebabkan Indonesia dijatuhi sangsi larangan berkiprah di Liga Internasional oleh lembaga federasi sepakbola dunia (FIFA) pada tanggal 30 Mei 2015.
Selain cabor sepakbola, Heru bersama timnya di BOPI waktu itu, juga berupaya menata cabang olahraga profesional lain, seperti tinju, golf, muaythai, basket profesional, liga voli profesional, dan MMA (Mixed Martial Arts). Khusus pada cabang olahraga yang cenderung mengandung kekerasan, seperti tinju, muaythai, MMA, Heru mengajak segenap stakeholder supaya lebih serius pada persoalan nasib atlet. Jangan sampai atlet hanya akan dijadikan samsak dalamsebuah pertandingan, untuk itu perlu ada kewajiban menjamin keselamatan atlet, kesejahteraan atlet, serta fairness di dalam matchmaking (penentuan lawan) atlet.
Baru sekitar satu tahun namanya lebih “bergaung”, Badan Olahraga Profesional Indonesia (BOPI) terancam dibubarkan oleh pemerintah, demikian pernah ditulis sebuah media. Masa kepengurusan BOPI era itu, sebenarnya baru berjalan dua tahun. Namun upaya untuk membubarkan BOPI begitu “keras”. BOPI sampai perlu “disidang” oleh Anggota Komisi X DPR RI melalui mekanisme Rapat Dengar Pendapat Umum (RDPU) Meskipun waktu itu tidak sampai kejadian pembubaran BOPI. Hingga akhirnya BOPI benar-benar dibubarkan berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 112 Tahun 2020 yang terbit pada 26 November. Saat BOPI dibubarkan, Heru sudah tidak lagi menjabat disana. ia mengakhiri kariernya di BOPI Pada Mei 2018