Sekolah2000 dalam UNDP’s Infrastructure Development in 2001 Program Sekolah2000
merupakan inisiatif Heru bersama Sanjaya saat masih menjadi bagian dari kepengurusan Asosiasi Penyelenggara Jasa Internet Indonesia (APJII) untuk memperkenalkan Dunia Internet kepada pelajar, guru dan seluruh jajaran pendidikan (sekolah) di Indonesia mulai dari tingkat SD, SLTP sampai dengan SLTA, meliputi SMU, SMK dan Madrasah. Program ini telah berjalan sejak pertengahan tahun 1999 dan menyelenggarakan kegiatan-kegiatan dalam rangka pengembangan pengguna internet di Indonesia, khususnya sektor pendidikan “.
Halaman muka Website Program Sekolah2000 waktu itu Bagaimana menjalankannya, harapannya adalah dengan mengandalkan peran anggotanya. Karena saat itu APJII masih merupakan lembaga yang terbilang “miskin”. Bahkan untuk sekretariatnya sekalipun, masih menumpang pada pojok ruangan salah satu kantor anggotanya. Lalu ketika di April 2001 Sanjaya ke Australia karena bertugas di APNIC (https://www.apnic.net/) . pindah , Maka Heru harus mengawal program tersebut sendirian. Namun berkat kreatifitas dan tekad bulatnya, program tersebut makin bekibar di kancah internet indonesia, bahkan banyak menginspirasi berbagai kegiatan susulan. Seperti misalnya muncul beberapa gagasan lain yang melengkapi idealisme program perluasan sosialisasi internet di indonesia. Diantaranya gagasan Sdr. Donny BU melalui programnya, Internet Sehat [106] serta gagasan Heru yang lain, yaitu: Millenium Internet Roadshow (MIR) ) dan e-Student Camp & Sumpah Internet Pemuda.
Sehubungan APJII tak lagi melanjutkan kegiatan Program Sekolah2000 setelah Heru lengser
dari kepengurusan, sejak 2005 ia lanjutkan kegiatannya diluar APJII. Bersama Gatot H Priowirjanto yang saat itu menjabat sebagai Direktur Dikmenjur, Kemendikbud, ia rmembentuk Yayasan Sekolah2000 untuk mewadahinya pada pertengahan tahun 2005.
Digagas beberapa kegiatan literasi TI yang berhubungan dengan dunia pendidikan di indonesia, salah satunya dengan membangun Portal OKE. Website Program Sekolah2000 saat meluncurkan Portal OKE Portal OKE (Open Knowledge and Education) waktu itu dibangun dan dikelola oleh Yayasan Sekolah2000. Diluncurkan pertama kali pada bulan Maret 2005. Portal ini dibangun atas kerjasama Yayasan Sekolah2000 dengan beberapa komunitas, yang meliputi komunitas web,dunia pendidikan, industri dan lain sebagainya. Koordinasi tim developer dipimpin oleh Sugeng Wibowo pada waktu itu , bersama Dany Aditya hingga tahun 2009.
Seiring telah meluasnya pemahaman TI pada dunia pendidikan di Indonesia, maka portal tersebut kini sudah tidak lagi aktif dan Yayasan Sekolah2000 sementara vakum.
Terlibat dalam recovery tsunami Aceh bersama Tim AirPutih. Komunitas tersebut adalah
sebuah kelompok relawan yang awalnya merupakan sebuah komunitas yang tergerak untuk
memberikan kontribusi dalam rangka penanganan musibah di Nanggroe Aceh Darrusalam dan
Sumatera Utara. Atas inisiatif sebagian anggota yang memiliki basis IT, dibentuklah tim AirPutih untuk penanganan Aceh yang kemudian disebut Aceh IT Media Center (AMC). Beberapa tokoh kunci di belakang AirPutih antara lain adalah Heru Nugroho, Valens Riyadi, Salahuddien, dll.
Dalam perkembangannya, mengingat dukungan untuk aktivitas ini sangat dibutuhkan, tim
AirPutih membentuk Yayasan AirPutih yang fokus dalam memberikan dukungan ICT di daerah
bencana atau Information and Communication Technology Emergency Response Team. [107]
Logo Tim AirPutih era awal, termasuk logo Yayasan Airputih periode pertama
Komunitas Airputih, pada awal ketika menjelma menjadi sebuah lembaga berbadan hukum,
berdasarkan Akta Notaris Nomor: C-881.HT.01.02.TH 2005, Tanggal 03 Juni 2005, didirikan oleh Heru Nugroho, Renee Pati Radjawane dan Monica Tanuhandaru yang dalam akta tersebut
ketiganya tertera sebagai Pelindung dan Penasehat.
Sedangkan pada Susunan Organisasi yang kemudian disepakati pada awalnya sebagai Kepengurusan Yayasan AirPutih adalah : Dewan Penasihat: Heru Nugroho & Renee Pati Radjawane. Dewan Pembina: Ahmad Suwandi, Rahman Hidajat & Valentinus Riyadi. Dewan Pengawas: Arif Moerjadi Soerjadi, Nurul Yakin Setyabudi, & Barata Wisnu Wardhana. Dewan Pengurus : Edwardo Rusfid (Ketua), Sugeng Wibowo (Sekretaris), Budi Santoso (Bendahara), Fahmi Syafrizal, Anjar A. Nugroho, Protus Tanuhandaru, M. Salahuddien (Anggota) Kemudian AirPutih juga memiliki format lain kelembagaannya, yaitu sebagai Perkumpulan sejak Saat ini ia sudah jarang lagi ikut aktif, keterlibatannya sebatas sesekali memberikan dukungan.