Heru Nugroho mengawali kiprahnya sebagai praktisi industri internet di Indonesia, sejak era awal industri tersebut dimulai. Bersama koleganya ia ikut mendukung pembangunan ISP (Internet Services Provider) PT Melvar Lintasnusa (Melsa) di Bandung. Rintisannya sudah dimulai sejak 1993 oleh beberapa anak muda alumnus ITB. Melsa merupakan ISP ke-3 di Indonesia, memulai operasional (online) sejak Desember 1995. Namun secara formal, ia mulai bergabung dengan Melsa sejak tahun 2000, diawali sebagai Managing Director, setelahnya sebagai Komisaris hingga sekarang.
Tahun 2006, Heru mendirikan usaha penyedia jaringan berbasis fiber optic di Bandung, Jawa Barat, PT Vaquest Network, bersama beberapa koleganya di Bandung. Disitu ia menjabat sebagai Direktur Utama hingga sekarang.
Nusantara Online Game Online Nusantara Online adalah sebuah permainan yang dilakukan secara daring bergenre MMORPG (Massively multiplayer online role-playing game) pertama karya anak bangsa yang dikerjakan oleh sekelompok anak muda indonesia, dipimpin langsung oleh Heru .
Tahun 2009, Nusantara Online mulai dijajaki oleh user, dimana peresmiannya sempat dihadiri oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada acara pembukaan Pekan Produk Kreatif Indonesia (PPKI) 2009 di Jakarta Convention Center (JCC), Jumat, 26 Juni 2009.
Membanjirnya Game Online sejenis yang melanda tanah air, datang dari berbagai negara, membuat proses bisnis Nusantara Online tersendat. Mungkin karena persoalan permodalan, karena engine buatan anak bangsa ini harus selalu terus dikembangkan, sehubungan pengembangan fitur-fiturnya. Hingga pada 2012, Nusantara Online harus menghentikan operasionalnya, karena tidak mampu bertahan di ajang kompetisi bisnis Game Online yang sedemikian sengit.
Selain berkiprah pada beberapa usaha di industri TI hingga kini, ia juga sempat atau masih aktif pada beberapa kegiatan pengembangan industri TI melalui kontribusinya di berbagai lembaga keorganisasian bidang TI di Indonesia sepeti terurai berikut ini :
Asosiasi Penyelenggara Jasa Internet Indonesia (APJII) Bersama beberapa praktisi industri Internet di Indonesia, Heru ikut menggagas pembentukan Asosiasi Penyelenggara Jasa Internet Indonesia (APJII) pada tahun 1996 dan terlibat aktif sebagai pengurus di asosiasi tersebut pada kepengurusan yang ke-2 dan ke-3, sejak tahun 1999 hingga 2005 , serta Kepengurusan APJII periode ke-5, tahun 2006 – 2009.
Saat Heru menjadi bagian dari kepengurusan asosiasi para ISP di Indonesia ini, antara 1999 -2005, ia menginisiasi berbagai aktifitas yang diantaranya tercatat jadi bagian dari sejarah
internet di Indonesia, yaitu: Program Sekolah2000 (gagasannya bersama Sanjaya ), Sumpah Internet Pemuda 2000 , Millenium Internet Roadshow (MIR) 2001 ) , Mengkordinasikan gerakan relawan bidang TI saat peristiwa bencana tsunami aceh 2004 (dikemudian hari berkembang menjadi sebuah kelompok relawan berlembaga, yaitu Yayasan Airputih) , bersama pemerintah dan sejumlah asosiasi telematika nasional membentuk Tim Emergency Response Perlindungan Jaringan Teknologi Informasi Berbasis IP yang kemudian melembaga menjadi id-SIRTII dan kemudian jadi id-SIRTII/CC.
Bersama aktifis TI yang lain, pada 2000, Heru sebagai salah satu pengurus APJII ikut berada di barisan depan memperjuangkan hak komunitas TI untuk penggunaan bersama (sharing) pita frekuensi 2,4 GHz antara wireless LAN akses Internet bagi pengguna di luar gedung (outdoor) dan Microwave Link yang dimotori Onno W Purbo & Michael Sunggiardi . Lalu sepanjang 2001 -2002, Ia juga berada di garis depan ketika pelaku industri internet saat itu menuntut pemerintah untuk meniadakan pembatasan lisensi jasa layanan Voice over Internet Protocol (VoIP) yang dianggapnya merupakan layanan dasar yang semestinya bisa dilakukan juga oleh para operator ISP saat itu, tapi dengan berbagai alasan, pemerintah sempat hanya memberikan ijin kepada perusahaan tertentu . Kedua upaya tersebut akhirnya dipenuhi oleh pemerintah.
Demi mempercepat akses dan efisiensi penggunaan internet di Indonesia, pada pertengahan 2004, saat Heru masih pimpinan pengurus di APJII, ia turut menginisiasi installasi F-Root Serverdi Indonesia, hasil kerjasama APJII – APNIC (the Asia Pacific Network Information Centre) SC (Internet System Consortium) yang mendapat dukungan dari beberapa pihak seperti PT Telkom, Cisco Systems, IBM & kalangan Penyelenggara Jasa Internet (PJI). Indonesia merupakan negara kelima yang memiliki f-root server yang jumlahnya di dunia saat itu ada empat belas. Dimana sepuluh diantaranya terletak di Amerika Serikat, satu di Jepang, dan dua lainnya di Eropa, yaitu Inggris dan Swedia. Federasi Teknologi Informasi Indonesia (FTII).
Pada 2003, Heru turut mendirikan Federasi Teknologi Informasi Indonesia (FTII) bersama dengan empat asosiasi industri TI, Asosiasi Penyelenggara Jasa Internet Indonesia (APJII) , Asosiasi Pengusaha Komputer Indonesia (APKOMINDO) , Asosiasi Perangkat Lunak Telematika (ASPILUKI) ,dan Asosiasi Animator (ANIMA). Federasi ini diperlukan untuk mewujudkan koordinasi yang lebih besar dalam konvergensi TI dan Komunikasi sehingga menghasilkan sinergi yang lebih baik dalam kerja sama melalui single point of contact untuk hubungan domestik dan internasional. Pada periode kepengurusan FTII pertama tersebut, Heru yang saat itu mewakili APJII menduduki posisi jabatan Sekretaris Jendral, sedangkan posisi Ketua Umum dijabat oleh Teddy Sukardi yang saat itu mewakili Aspiluki . Indonesia Security Incident Response Team on Internet Infrastructure (Id-SIRTII).
Sejak 2003, Heru merupakan salah satu pihak yang sering mengingatkan kalangan lembaga pemangku penanggulangan tindak kejahatan di indonesia, tentang pentingnya langkah preventif terhadap tindak kejahatan di ranah siber.
Di penghujung aktifitasnya sebagai pimpinan kepengurusan APJII tahun 2005, bersama beberapa stakeholder yang juga peduli dengan persoalan yang sama, akhirnya mencetuskan gagasan pembentukan sebuah unit kerja yang bertugas melakukan pengawasan keamanan jaringan telekomunikasi berbasis protokol internet, yaitu : Id-SIRTII (Indonesia Security Incident Response Team on Internet Infrastructure). Hingga akhirnya pada 2005, disepakati untuk segera dibentuk unit kerja id-SIRTII oleh beberapa lembaga, yakni : DITJEN POSTEL (Direktorat Jenderal Pos dan Telekomunikasi). POLRI (Kepolisian Repulik Indonesia), KEJAGUNG (Kejaksaan Agung Republik Indonesia). BI (Bank Indonesia), APJII (Asosiasi Penyelenggara Jasa Internet Indonesia), AWARI (Asosiasi Warung Internet Indonesia), AKKI (Asosiasi Kartu Kredit Indonesia), dan MASTEL (Masyarakat Telematika Indonesia). Direktorat Jendral Pos & Telekomunikasi (DITJEN POSTEL) yg saat tahun 2005 baru saja berpindah induk kementerianya, dari Kementerian Perhubungan ke Kementerian Komunikasi &Informatika, pada akhirnya berkenan menyiapkan anggaran untuk menginisiasi pembentukan kelembagaan Id-SIRTII.
Setahun kemudian, Heru diajak jadi bagian dalam proses perancangan teknis dan skema operasional unit kerja tersebut dengan dibantu beberapa koleganya, antara lain Valens Riyadi & M Salahudien pada 2006. Bahkan ia turut pula jadi bagian dari panitia seleksi untuk dua periode proses pengawakan id-SIRTII. Dimana pada periode pertama, tahun 2007, terpilih Eko Indrajit sebagai nakhodanya. Pada periode kedua, tahun 2012, yang terpilih menjadi nakhodanya : Rudi Lumanto .
Sejak Mei 2018, Id-SIRTII telah berganti induk dari Kemenkominfo ke BSSN (Badan Siber dan Sandi Negara) , sebuah lembaga pemerintah di bawah dan bertangung jawab kepada Presiden. berdasarkan Peraturan Presiden RI Nomor 53 tahun 2017 yang selanjutnya disempurnakan dengan Perpres Nomor 133 tahun 2017.
Kemudian kini lebih dikenail dengan sebutan Indonesia Security Incident Response Team on Internet and Infrastructure/Coordination Center (Id-SIRTII/CC) [49] , dengan skema operasional yang tentu sudah berbeda dengan sebelumnya.
Masyarakat Telematika Indonesia (MASTEL) Tahun 2006, Heru sempat aktif di lembaga Masyarakat Telematika Indonesia (MASTEL) menjadi salah satu Ketua [50] . Pada 2007 ia ditugaskan menjadi Ketua Pokja Perubahan UU Telekomunikasi guna menyusun konsep perbaikan (deregulasi) Undang undang Telekomunikasi no 36/1999 yang saat itu dianggapnya sudah usang (ketinggalan jaman . Ironisnya, paling tidak sampai 2020, UU tersebut masih menjadi dasar kebijakan industri telekomunikasi, beserta seluruh layanan turunannya di Indonesia.
Pengelola Nama Domain Internet Indonesia (PANDI) Heru merupakan salah satu pendiri kelembagaan yang mengelola salah satu sumber daya terpenting internet di Indonesia, yaitu nama domain berekstensi .id (kode negara level tertinggi untuk domain Indonesia). Lembaga tersebut dibentuk pada tahun 2006 dengan nama organisasinya : PANDI (Pengelola Nama Domain Internet Indonesia). Hingga kini ia masih jadi bagian dari Dewan Anggota yang terdiri dari perwakilan industri, akademisi dan birokrasi pemerintah.
Pada periode kepengurusan tahun 2015 – 2019, Heru menduduki posisi sebagai salah satu dari lima Anggota Dewan Eksekutif [54] . Kemudian pada kepengurusan periode sekarang yang diawali sejak 2019, ia turut serta menjadi bagian dari Anggota Dewan Pengurus dengan menduduki posisi sebagai salah satu dari empat Wakil Ketua. Sebagai salah satu Wakil Ketua di PANDI pada 2020, Heru yang bertanggung jawab pada Bidang Pengembangan Usaha, Pemasaran dan Kerjasama, ia ikut berperan dalam pertumbuhan ccTLDIndonesia (.id) sehingga pada tahun 2020 mengalami peningkatan signifikan. Pada periode bulan September 2020, domain .id memiliki pertumbuhan tertinggi, yaitu 40 persen disusul .cy (Siprus) 23 persen, dan .ar (Argentina) 22 persen. Sementara itu, data pertumbuhan domain .id sempat menarik perhatian pengamat dunia karena menurut laporan CENTR, domain .id mencapai pertumbuhan lebih dari 38% di penghujung tahun 2020.