Heru Nugroho juga merupakan pemerhati Budaya dan Sejarah Nusantara. Hal itu diperlihatkannya dengan membangun sebuah permainan daring (game online) yang berlatar belakang budaya dan sejarah nusantara yaitu Nusantara Online 2007 hingga tahun 2012. Pada tahun Karakter-karakter, susunan kemasyarakatan, bentuk bangunan, sampai peta dalam Nusantara Online ini disesuaikan dengan kondisi asli masanya. Selain sejarah, ada tokoh mitologi, hikayat, dan legenda rakyat Nusantara.
Logo Nusantara Online Riset pembuatan Nusantara Online dimulai sejak tahun 2005 dan sejak 2007 dimulai pembuatan aplikasinya, hingga bisa dipahami jika memerlukan dana relatif besar. Sejak saat itu, Heru mulai lebih mendalami tentang sejarah nusantara, khususnya tentang budayanya).
Manakala menjabat sebagai Staf khusus Menpora pada tahun 2013, ia membentuk Tim yang dimotori oleh Mody Afandi untuk melakukan riset ke beberapa museum di eropa, khususnya tentang Pencak Silat sebagai salah satu cabang olahraga (cabor) yang dalam angannya bisa dipertandingkan pada ajang sekelas olimpiade. Serta mendalami budayanya untuk bisa diperjuangkan agar mendapat pengakuan formal dari UNESCO.
Heru ikut mengawal rombongan pencak silat keliling Eropa, demi memperkenalkan dan meminta dukungan beberapa negara untuk bisa dipertandingkan pada ajang olimpiade dan upaya penetapan dari UNESCO. Bersama Sesepuh Pencak Silat, Eddie M Nalapraja yang sering dikenali sebagai Bapak Pencak Silat dan Roy Suryo yang saat itu merupakan Menpora RI, Heru keliling ke beberapa negara di Eropa , diantaranya Spanyol, Belanda, Perancis, Bulgaria, dalam rangka lebih memperluas pengetahuan masyarakat internasional pada tradisi pencak silat, juga mengharap dukungan agar pencak silat sebagai cabang olahraga bisa sering ditampilkan pada arena internasional, terutama sekelas olimpiade, serta dukungan untuk mendapat pengakuan dari UNESCO, bahwa Tradisi Tertua Pencak Silat adalah berasal dari Indonesia . Kemudian dicanangkanlah secara resmi Program “Pencak silat Road to Unesco & Olympic” oleh kelompok masyarakat pencak silat nasional, awalnya difasilitasi oleh Kemenpora. Mody Affandy cs saat itu bekerja atas arahan Eddy M Nalapraja.
Gerakan Pencak Silat Road to UNESCO ini diawali pada Mei 2013, Gerakan diinisiasi setelah digelar Seminar Pencak Silat Indonesia oleh Bapak Pencak Silat Indonesia, Eddie M. Nalapraya,Menpora Republik Indonesia saat itu K.R.M.T. Roy Suryo, Heru Nugroho (Staf khusus Menpora), dan peneliti budaya pencak silat Mody Afandi bersama Tim Pencak Silat Road to Unesco & Olympic. Inisiasi itu berbuah hasil dengan mengajak masyarakat pemangku pencak silat Indonesia agar bersama-sama mengusung pencak silat ke UNESCO sebagai Warisan Dunia Takbenda. Copy sertifikat yang diberikan UNESCO pada Pencak silat sebagai warisan budaya tak benda yang berasal dari Indonesia.
Harus diakui bahwa perjalanan prosesnya memang cukup melelahkan, hingga membutuhkan waktu lebih dari 6 tahun. Pihak-pihak yang terlibatpun makin meluas. Hingga pada akhirnya, sidang ke-14 Komite Warisan Budaya Takbenda UNESCO di Bogota, Kolombia, pada Kamis, 12 Desember 2019, berkenan menetapkan Pencak Silat ke dalam UNESCO Representative List of the Intangible Cultural Heritage of Humanity.
Pada kepengurusan PANDI yang dilantik pada bulan Mei 2019, Dewan Pengurus PANDI merencanakan sebuah kegiatan untuk mendaftarkan aksara-aksara asli daerah yang ada di indonesia , dijadikan salah satu alternatif nama domain internet. Dalam istilah populernya di dunia internet adalah Internationalized Domain Name (IDN). Namun Heru nampaknya punya visi lebih jauh, dianggapnya bahwa aksara, selain bahasa adalah akar jati diri sebuah bangsa yang dalam sejarahnya mampu mencipta dan mengembangkan bahasa dan aksaranya sendiri. Aksara asli, dalam pemikirannya, mampu menjadi Akar ketahanan digital di masa depan. Dalam rangka inisiasi kegiatan tersebut, sebagai salah satu anggota Dewan Pengurus, Heru menggagas sebuah program yang kemudian dijadikan salah satu program strategis PANDI, yaitu “Merajut Indonesia, Melalui Digitalisasi Aksara Nusantara” atau disingkat MIMDAN . Program tersebut resmi diluncurkan pada 12 Desember 2020.
Ragam Aksara daerah yang rencananya akan dieksplore, diantaranya : Aksara Jawa, Aksara Sunda, Aksara Bali, Aksara Bugis (Lontaraq), Aksara Batak, Aksara Rejang, Aksara Lampung, Aksara Incung, Aksara Lota , Aksara Pegon. Heru memimpin operasional kegiatan tersebut bersama timnya, yaitu: Miki, Fajar Yugaswara, Chika Hayunigtyas, Ferdi Cahya Abdillah, Ratih Ayu dan Gunawan Tyas Djatmiko, serta beberpa konsultan yang ikut mengawal : Dadan Sutisna, Ilham Nurwansyah, Evi Sri Rejeki dan Vebe Polattu, SH, MH. Pada momen formal, ia didukung oleh sebagian Anggota Dewan Pengurus, seperti Isnawan Aslan dan Azhar Hasyim, kemudian khususnya Prof. Yudho Giri Sucahyo, selaku Ketua PANDI saat ini, serta Chief of Registry Officer (CRO) PANDI, Muhammad Sidiq Purnama.